哲學研究所現行的領導體制是黨委領導下的所長負責制。此前曾實行過黨支部、黨的領導小組、黨總支、黨委、機關黨委、分黨組、聯合黨委等領導形式。

（一）設立黨支部時期（1955～1962年）

1955年4月，哲學所成立第一屆黨支部，周宜明擔任支部書記，下半年黨支部增設宣傳委員和組織委員，李奇擔任宣傳委員，魯孝文擔任組織委員。

1956年5月，張鏞擔任支部書記，周宜明擔任支部副書記。

1957年8月，哲學所反右領導小組成立，組長為張鏞。整風反右運動結束后，反右領導小組改稱領導小組，統管哲學所的行政、學術和黨務工作。

1959年11月，副所長兼所黨支部書記張鏞被免職，周宜明擔任哲學所黨支部書記。

1960年12月，哲學所黨支部書記周宜明帶隊去山東勞動鍛煉，黨支部書記由余勵予擔任，李明任副書記。

1961年下半年，周宜明從山東勞動鍛煉回京后擔任所黨支部書記。

1962年9月，哲學所向中國科學院哲學社會科學部呈報《關于研究所(室)領導制度的請示報告》。根據哲學所的歷史和現狀，提出取消原有的黨的領導小組，加強黨支部或黨總支對政治思想工作的領導。隨后，黨的領導小組撤銷。

（二）設立黨總支時期（1963～1982年）

1963年7月，按上級指示，哲學所黨組織由支部改為黨總支。陳冷任書記，周宜明任副書記。

1964年10月,齊一任哲學所黨總支副書記。

1965年9月，按上級指示，哲學所黨總支改為支部，陳冷任支部書記，王福建任副書記。

1975年5月,哲學所成立黨總支。周平任書記，燕宏遠任副書記。

1977年7月,哲學所新的黨總支成立。許立群任書記，孫耕夫、楊友吾任副書記。

1978年4月，孫耕夫兼所黨總支書記，楊友吾、王福建任副書記。

（三）設立黨委時期（1979～1982年）

1979年9月，哲學所黨組織由黨總支改為黨委。孫耕夫任黨委書記，楊友吾、王福建任黨委副書記。

1980年10月31日，中國社會科學院黨委發文“社科（80）黨字88號”通知：孫耕夫為哲學所黨委書記。

（四）設立分黨組及機關黨委時期（1982～1991年）

1982年12月，中國社科院黨組發出《干部任命通知》。齊一任所分黨組書記，邢賁思、陳筠泉、劉樹勛任分黨組成員；邢賁思任所機關黨委書記，趙忠良、于良華任副書記。

1983年4月，倪鼎夫任哲學所機關黨委書記兼所分黨組副書記。

1983年5月，院黨組通知：倪鼎夫任哲學所分黨組副書記。

1985年6月，邢賁思任所長兼哲學所分黨組書記。

1985年7月，倪鼎夫任分黨組副書記，陳筠泉、李惠國、姚介厚為分黨組成員。

1988年8月，趙忠良任所機關黨委書記，曲敬先任副書記。

（五）恢復設立黨委時期（1991～1993年）

1991年4月，根據上級指示，哲學所實行黨委領導下的所長負責制。傅青元調任哲學所黨委書記。原所機關黨委撤銷。

1992年8月，章紹武任哲學所黨委副書記。

（六）設立聯合黨委時期（1994～1998年）

1994年與馬克思列寧主義毛澤東思想研究所組成聯合黨委，傅青元擔任聯合黨委書記。

1994年2月,王茂珍任聯合黨委副書記。

（七）再次恢復設立黨委時期（1998～現在）

1998年9月30日，中國社科院黨委會研究決定，撤銷哲學研究所、馬克思列寧主義毛澤東思想研究所黨委，成立哲學研究所黨委和馬克思列寧主義毛澤東思想研究所黨委。任命邵波為哲學研究所黨委副書記，傅青元為馬克思列寧主義毛澤東思想研究所黨委書記、王秀奎為副書記；免去傅青元的哲學研究所、馬克思列寧主義毛澤東思想研究所聯合黨委書記職務，王茂珍、王秀奎的聯合黨委副書記職務。

1998年11月10日，邵波任黨委副書記。

1999年11月8日，葛良志調任哲學所黨委書記、副所長。

2000年3～4月，哲學所黨委換屆，葛良志、邵波、李德順、李鵬程、周曉亮、胡新和、張小簡為新一屆黨委委員，葛良志為所黨委書記，邵波為副書記。

2002年7月23日，由于邵波和胡新和調出，哲學所黨委增補李景源、余涌為黨委委員。

2005年8月31日，中國社科院黨組會議研究決定，任命吳尚民為哲學所黨委書記、黨委委員；免去葛良志的哲學所黨委書記、黨委委員職務。院務會議研究決定，任命吳尚民、謝地坤為哲學所副所長；免去葛良志、李鵬程的哲學所副所長職務。

2006年5月22日，哲學所召開全所黨員大會，選舉新一屆黨委委員和首屆紀律檢查委員會委員。6月1日，院黨組下發[2006]社科黨組字22號文件，批準新一屆黨委、首屆紀委的選舉結果和書記人選。新一屆黨委由吳尚民、李景源、謝地坤、余涌、孫偉平、李存山、周曉亮組成，吳尚民任黨委書記；首屆紀委由謝地坤、周曉亮、王鐵軍、劉克海、段軍俠組成，謝地坤任紀委書記。

2011年9月7日，哲學所召開黨委紀委換屆選舉黨員大會。會議選舉產生所黨委委員7人：孫偉平、吳尚民、余涌、張志強、單繼剛、崔唯航、謝地坤，選舉產生所紀委委員5人：劉克海、孫偉平、孫春晨、張慎、陳剛。會后，根據黨組織選舉工作的規定，召開所紀委會議選舉孫偉平為紀委書記，召開所黨委會議選舉吳尚民為黨委書記。9月27日，院黨組下發[2011]社科黨組字70號文件，批準我所新一屆黨委和紀委的選舉結果和書記人選。

2014年5月13日，哲學所召開全所大會，中國社科院黨組副書記、副院長趙勝軒宣布院黨組關于哲學所領導班子人事任免決定：任命王立民為哲學所黨委書記、副所長，免去吳尚民的哲學所黨委書記、副所長職務；任命孫偉平為院直屬機關黨委副書記（正局級），免去孫偉平的哲學所副所長職務。

2016年3月2日，哲學所召開全所黨員大會，對增補黨委委員和紀委委員進行選舉。王海生、徐碧輝增補為所黨委委員，段軍俠增補為所紀委委員。

2016年12月14日，哲學所召開全所大會，中國社科院黨組成員、副院長張江宣布院黨組關于哲學所領導班子人事任免決定：任命孫海泉為哲學研究所黨委書記、黨委委員、副所長，免去王立民的哲學研究所黨委書記、黨委委員、副所長職務，另有任用。

2018年11月9日，哲學所召開全體干部大會，副院長、黨組成員高培勇代表院黨組出席會議并宣布干部任職決定：任命王立勝同志為哲學研究所黨委書記、副所長。